Anime opowiada o Egzorcystach - wybrańcach Boga, "Apostołach Niewinności". Są oni stowarzyszeni w organizacji zwanej Czarnym Zakonem (ang. Black Order), której głównym celem jest powstrzymanie Milenijnego Earla przed kolejnym zniszczeniem świata (pierwszym był biblijny Potop). Głównym bohaterem jest 15-nastoletni Allen Walker, siwowłosy chłopak, który urodził się z dziwną, zdeformowaną ręką. Z tego powodu porzucili go rodzice. Przygarnia go Mana Walker, którego Allen nazywa przybranym ojcem. Jednakże ich podróż nie trwa zbyt długo. Gdy ginie Mana, pojawia się Milenijny Earl, który obiecuję Allen'owi. że wskrzesi Mana'e. Wykorzystując naiwność Allen'a, Earl stworzy z duszy Mana'y Akumę, która będzie słuchała wyłącznie jego rozkazów. Zanim do tego doszło, Allen zostaje przeklęty przez Mana'e, przez co jego lewe oko potrafi widzieć prawdziwe formy Akum. Wkrótcę potem po raz pierwszy uaktywnia się jego Innocence (zdeformowana ręka), która niszczy Akumę i odsyła duszę Mana'y z powrotem do nieba. Po całym wydarzeniu spotyka Marian'a Cross'a, jednego z generałów w Czarnym Zakonie, który zostaję jego mistrzem. Po zakończeniu jego treningu, odsyła Allen'a Walker'a do głównej siedziby Czarnego Zakonu, by ten stał się uprawnionym Egzorcystą. I tak rozpoczyna się prawdziwa przygoda Allen'a Walker'a, którego przepowiednia nazwała Niszczycielem Czasu.