Czy macie jedno życzenie, za które postawili byście na szali własne życie, a nawet innych? Przed takim wyborem stanęła czternastoletnia Madoka Kaname i jej przyjaciółka Sayaka. Główna bohaterka nigdy nie myślała o tym, by za moc, siłę, oraz jakiekolwiek życzenie zostać czarodziejką, która nie ujmując równie dobrze mogłaby być samobójczynią. Do wątpliwości wobec własnego życia zaczyna dochodzić, kiedy Madoka spotyka na swojej drodze małe, białe i przebiegłe stworzonko zwane Kyubey. Nastolatka ratuje nowo spotkanego przyjaciela z opresji przed nową uczennic ą Homurą, która jak się okazuje również należy do zagmatwanego świata magii. Jednakże jej podejście w tej kwestii jest znacznie odmienne od jej przeciwniczki Mami, która następnie zostanie ,,opiekunką" Madoki oraz Sayaki. Mami swój obowiązek traktuje lekko z humorem, zaś Homura od początku chcę skłonić Madoke do zrezygnowania z bycia czarodziejką i ratowania za własne życie ludzkości. W miarę napływu odcinków akcja robi się bardziej pokręcona co sprawia, że jest coraz bardziej interesująca.