Film opowiada o 11 letniej Koralinie, która przeprowadza się z rodzicami do starego wiktoriańskiego domu. Pewnego dnia dziewczynka postanawia sprawdzić wszystkie drzwi jakie znajdują się w jej nowym mieszkaniu. Zwiedzając mroczne zakamarki starego domu stwierdza, że 13 drzwi otwiera się bez problemu i prowadzi do rzeczywistych miejsc. Jednak 14 drzwi w pracowni, prowadzą do spowitego mgłą przejścia, które prowadzi do alternatywnej rzeczywistości. Równoległy świat zamieszkuje alternatywna wersja jej rodziców i sąsiadów, którzy zamiast oczu mają guziki. Rodzice dziewczynki z równoległego świata starają się przekonać Koralinę, aby została z nimi, twierdząc, że jest tu lepsze jedzenie, oraz będzie ona mocniej kochana niż w rzeczywistym świecie. Przez pewien czas wszystko wydaje się być w porządku, jednak rnowir1; rodzice planują za wszelką cenę zatrzymać ją przy sobie. Kiedy Koralina chce wrócić do swojego świata, nowa mama używa magii, a ojciec brutalnej przemocy, aby ją zatrzymać, dodatkowo porywają jej prawdziwych rodziców. Dziewczynka musi przezwyciężyć własny strach i uwolnić prawdziwych rodziców oraz dusze trójki zabitych dzieci. Nagle pojawia się czarny, mówiący ludzkim głosem kot, który oferuje swoją pomoc.