Chmurna Wieża jest najbardziej prestiżową instytucją edukacji dla czarownic. W tej szkole uczennice uczą się korzystać z magii. Szkoła ta jest konkurencją i rywalem Alfei. Jej dyrektorką jest pani Griffin. Sam budynek jest ogromny i rozległy, to "żywy organizm" stworzony w starożytności przez potężne czarownice. Chmurna Wież jest połączona z innymi szkołami serią podziemnych tuneli. Jest także otoczona barierą ochronną.

Sezon 1: Chmurna Wieża pojawia się jako baza operacyjna Trix, które potajemnie posiadają w szkole Knuta oraz spiskują przeciwko Winx, aby odebrać im Smoczy Płomień. Po udanej kradzieży pierścienia Stelli, Winx postanawiają wkraść się do Chmurnej Wieży, aby odzyskać go z powrotem. Ich misja powiodła się, lecz Griffin w tym czasie używała zaklęć, aby je przestraszyć. Gdy poinformowała Faragondę o tym niecodziennym wybryku, Dyrektorka Alfei ukarała Winx. Po wypuszczeniu na Winx nocnego potwora, Trix zostały wygnane ze szkoły. Jednak po zdobyciu Smoczego Płomienia powróciły i przejęły kontrolę nad Chmurną Wieżą, przy okazji wszystkich zamykając w lochach, łącznie z Riven'em. Wezwały armię ciemności i trzymały ją tam, aby następnie zaatakować całe Magix. Przejęły kontrolę nad miastem oraz Czerwoną Fontanną. Bloom wkrótce przybyła do Chmurnej Wieży wraz z innymi (w tym także z Knutem, który zdradził Trix), aby odzyskać swoją moc, ale Trix zastawiły na nie pułapkę. Następnie Trix zaatakowały Alfeę i przegrały z Bloom w walce. Chmurna Wieża została oczyszczona i pani Griffin z powrotem wróciła na stanowisko dyrektorki.

Sezon 2: Chmurna Wieża pojawia się ponownie, gdy Winx są do niej wysłane, aby chronić kawałek Kodeksu, który tam się znajduje. Winx z Mirtą uczą się używać negatywnej energii. Czarodziejkom nie przychodzi to łatwo, ponieważ do tej pory uczyły się wyzwalać tylko pozytywną. W tej serii okazuje się także, że Chmurna Wieża to nie tylko budynek, ale także żywa istota ze sercem, fosy są jej korzeniami, a wieże gałęziami. Dowiadujemy się także, że jest to istota stworzona przez potężne czarownice. Chmurna Wieża jest opanowała przez Trix, które na rozkaz Darkar'a próbują zdobyć Kodeks Chmurnej Wieży. Początkowo udaje się im przejąć kontrolę nad szkołą zmieniając jej strukturę, jednak wkrótce Griffin znów przejmuje nad nią władzę i wszystko przywraca do porządku. Po wielu walkach i wędrówkach po szkole, Winx wreszcie udaje się znaleźć lokalizację części Kodeksu. Czarodziejki walczą z trzema czarownicami, lecz ostatecznie udaje im się ukraść część Kodeksu. Chmurna Wieża pojawia się także w dwudziestym piątym odcinku ów sezonu, gdy Faragonda informuje Griffin, że Bloom została porwana przez Darkar'a, aby zdobyć Ostateczną Moc. Pani Griffin przyłącza się do walki wraz z Faragondą, Codatortą, Winx i Specjalistami przeciwko Władcy Łowcy Cieni.

Sezon 3: Gdy Valtor'owi znudziła się kryjówka na Andros, Trix zaproponowały mu Chmurną Wieżę, jako nową siedzibę, jednak była ona chroniona przez magiczną barierą. Ten przemienił się w jelenia, a Trix w wilki. W ten sposób udało mu się przedostać przez barierę. Przejął władzę nad umysłami uczennic, wtrącił Griffin do lochu i kazał młodym czarownicom zaatakować szkołę dla czarodziejek, ale udało się im odeprzeć atak. Chmurna Wieża długi czas służyła mu jako kryjówka i z niej właśnie przedostawał się do innych światów, aby odebrać im ich magię. Jednakże Winx zaatakowały Chmurną Wieżę chcąc zemścić się za Tecnę, która przepadła zamykając portal Omega. Valtor i Trix ostatecznie opuszczają Chmurną Wieżę, uwalniając wszystkie czarownice spod władzy ich umysłów. Znajdują nową kryjówkę, a Griffin powrotem zasiada jako dyrektorka szkoły. Valtor jednak rzucił wyzwanie Faragondzie, Griffin i Saladynowi. Chmurna Wieża potem nagle znika, a Winx zaczynają dociekać, co się stało. Okazało się , że Valtor nie zniszczył ani nie przeniósł szkoły, lecz rzucił na nią czar, który sprawił, że stała się niewidoczna. Ostatecznie dzięki Magicznemu Pyłowi Chmurna Wieża powraca do dawnej świetności. Gdy Valtor zaatakował Magix z elementami zaklęcia czterech żywiołów, kazał wodzie z jeziora Roccaluce zalać Chmurną Wieżę. Kiedy Bloom pokonała Valtor'a, woda zaczęła cofać się do swojego źródła.

Sezon 6: W tym sezonie Chmurna Wieża posiada zdolność lotu. Gdy nowi studenci przyjeżdżają do szkoły dla czarownic, jest wśród nich Selina, czarownica z Ziemi. Pokazuje ona Griffin swoją księgę - Legendarium - i powoduje chaos w wiosce Pixie. Gdy Trix zauważają potęgę księgi, chcą zacząć używać tej mocy, która może dać im znaczną przewagę. Dzięki zaklęciu "wydobywają" Chmurną Wieżę z góry i sprawiają, że lata. Trix przejmują władzę i obiecują nauczyć Selinę czarnej magii w zamian za urzeczenie im mocy Legendarium. Trix nie tylko sprawiają, że Chmurna Wieża lata, unosi się w powietrzu, ale także podróżują nią pomiędzy światami.

* Chmurna Wieża nie pojawia się w czwartym sezonie, a w piątym widnieje tylko w tle.

Bittersmoke: Profesor Bittersmoke pojawia się w komiksowej serii Winx. Jest Mistrzem Eliksirów, dlatego nie cieszy się zbyt dużym szacunkiem wśród uczniów. Jest także lunatykiem, dlatego trzeba go w nocy zamykać, aby nie wędrował po szkole.